新三板股票并不在上交所、深交所交易，其交易载体是全国中小企业股份转让系统，俗称全国股转系统，它属于独立的全国性证券交易场所，并非传统意义上的证券交易所，很多投资者容易将新三板与北交所相互混淆，两者属于联动但相互独立的市场。想要参与新三板基础层、创新层股份转让，投资者需要开通对应的新三板交易权限，依托证券公司通道接入全国股转系统完成委托撮合，不存在挂靠三大交易所交易的情况。
很多投资者产生认知误区，源于北交所诞生的历史背景，新三板曾经设立精选层，后续精选层整体升级设立北京证券交易所，自此市场格局发生调整。原先精选层挂牌企业直接转为北交所上市公司，在北交所进行交易；而新三板保留基础层与创新层，依旧在全国股转系统开展股份转让。简单来说，北交所是独立交易所，新三板是股转系统，企业从创新层满足条件后，可以申报北交所上市，形成“基础层—创新层—北交所”递进式的培育通道，但不能把新三板直接等同于北交所。
新三板和各大交易所存在明显区分，交易所市场称之为上市，新三板企业称之为挂牌。基础层、创新层采用集合竞价搭配做市转让模式，投资者门槛更高，对资金、交易经验都有硬性要求；北交所采用连续竞价制度，交易机制更贴近沪深市场，门槛相对更低。普通投资者在开户时需要分清权限类型，开通新三板权限仅能交易基础层与创新层标的，想要交易北交所股票，需要单独开通北交所交易权限，两类权限无法互通。
实操层面也需要规避常见陷阱，不少新手误以为新三板可以直接使用普通A股账户交易，实际上普通股票账户没有新三板权限，需要单独向券商申请开通，同时券商需要完成投资者适当性审核。另外新三板标的流动性分化十分明显，多数中小挂牌企业成交清淡，投资者不能套用主板、北交所的交易思路。理清交易场所的归属，才能避免开户、交易过程中出现权限不符、无法挂单等问题。
