北交所普通股交易经手费按成交金额的0.125‰双边收取，也就是买入和卖出各计算一次，折算后单边为万分之1.25。以10万元成交金额计算，单边交易经手费为12.5元，完成一买一卖后合计25元。这个费率自2023年8月28日起执行，目前仍是投资者计算北交所股票交易成本时最核心的固定费用之一。需要市场上常说的交易服务费并非北交所正式收费名称，实际对应的主要是交易经手费。
具体品种方面，北交所普通股和优先股采用同一标准，均按照成交金额的0.125‰双边收取。股份协议转让也按0.125‰计费，但采取单向收取、单笔最高10万元的安排；没有成交金额，或者每股成交价格低于股票面值时，收费计算基础会转为转让股份总面值。可转换公司债券则按普通股交易经手费标准减半，即0.0625‰双边收取。不同品种不能简单套用同一个费率，投资者下单前应先确认证券类别和交易方式。
很多人看到交割单上的总费用较高，会把全部金额归入北交所交易服务费，实际上其中还可能包含券商佣金、过户费和印花税。券商佣金由开户证券公司按照客户协议和自身公示标准收取，费率存在协商空间；北交所股票过户费通常按成交金额的0.01‰双边计收，股票卖出时还涉及成交金额0.5‰的证券交易印花税，买入方不缴纳这一项。交易经手费是交易所固定规费，佣金则属于证券经纪服务成本，两者在账单中应当分开查看。
按一笔10万元北交所股票买入交易估算，交易经手费约12.5元，过户费约1元，实际佣金还要看券商约定；若之后以10万元卖出，还会再次产生12.5元交易经手费、约1元过户费，并增加500元印花税，另加卖出佣金。由此可见，真正影响短线资金周转成本的，往往不是单独一项交易经手费，而是印花税、佣金和双边规费叠加后的综合支出。频繁换手时，即使每笔金额不大，累计成本也会持续侵蚀收益。
还需要把股票、可转债与普通债券区分开。北交所曾对债券现券交易经手费实施暂免安排，相关措施有效期延长至2026年12月31日，但可转换公司债券不应直接按照普通债券现券处理，仍需按照相应规则核算。投资者查看费用时，重点关注交割单中的交易经手费佣金过户费印花税四个栏目，北交所收费标准本身较为明确，真正存在差异的部分主要来自券商佣金以及具体交易品种。
