北交所和沪深市场的券商佣金监管上限规则一致，但实际执行费率、费用构成、默认收费标准并不相同，两个板块佣金相互独立，主板优惠费率无法自动同步到北交所账户。从监管条款来看，两大市场佣金最高封顶比例同为成交金额千分之三，双向收取，同时都执行单笔佣金不足五元按五元收取的底线规则，这也是很多投资者误以为收费标准完全一样的主要原因。除去券商收取的佣金之外，印花税、过户费这类法定费用执行统一标准，卖出股票单边缴纳万分之五印花税，过户费全部按照成交金额万零点一双向扣除，这几项费用不存在市场差异。
投资者容易混淆佣金与交易所规费，这也是北交所综合交易成本更高的核心原因。沪深市场交易所经手费、证管费合计双边仅万零点五四一，这笔成本包含在全佣模式当中，券商可以在成本之上自由下调佣金。北交所交易所单独收取双边万一点二五的经手费，属于固定上交的费用，券商无法减免，只能调整自身收取的服务佣金。很多散户把交割单里的交易所规费当成券商佣金，才会感觉北交所手续费明显更高，实际上券商纯佣金的定价权限，两个市场是完全放开的。
绝大多数券商在系统设置上对两个板块分开定价，新开户不开通特殊申请的情况下，沪深主板默认佣金普遍在万三上下，经过协商后可以做到万0.8到万1.5。北交所开通权限后初始默认费率大多在万四到万六之间，即便是同一家券商、同一个证券账户，主板已经调好的低佣金也不会自动覆盖北交所交易。只有主动联系券商工作人员单独提交申请，才可以把北交所佣金调整到和主板接近的水平，如果没有单独调整，长期交易就会持续产生不必要的成本损耗。
在实际交易当中，佣金分为全佣和净佣两种模式，不同模式最终扣费结果差距很大。沪深市场多数低佣金账户采用全佣收费，规费已经打包在佣金里面，交割单不会再单独扣费。北交所部分券商默认净佣模式，佣金之外还要额外扣除交易所经手费，看似佣金费率很低，叠加固定费用之后整体成本反而更高。投资者想要准确判断费率高低，不能只看佣金数字，最好通过交割单拆分所有扣费项目，确认收费模式，避免被表面低费率误导。对于经常做短线交易的投资者，北交所因为固定规费更高，即便佣金做到同等水平，换手带来的成本消耗也要高于沪深个股。
